慶余年太平別院的秘密是禁忌之門。根據葉輕眉在給范閑的信中提到,太平別院的湖底隱藏著禁忌之門,這扇門被認為是所有秘密的最終所在。太平別院是葉輕眉曾經居住過的地方,也是慶帝、陳萍萍、范建等人年輕時的游歷之地,充滿了濃厚的記憶和情感。禁忌之門的最大秘密與范閑有關,與范閑來到這個世界有關。范閑是因為前世患了不治之癥,精神“穿越”到葉輕眉的兒子身上,這被解釋為上個文明的一種實驗。范閑雖然是唯一一個成功的試驗者,但這種行為違背了人性的底線,因為它涉及到了生老病死的公平原則,甚至可以說是“奪舍”了新生兒的靈魂,因此是一種禁忌。