慶余年中太平別院的秘密是湖底的禁忌之門。根據(jù)葉輕眉在給范閑的信中提到的內(nèi)容,太平別院的湖底隱藏著禁忌之門,也是所有秘密的最終所在。這個禁忌之門可能是一個實驗室,里面可能有現(xiàn)代化的高科技設備,如手機、導航、電腦等。葉輕眉在信中警告范閑不要打開這扇門,因為有可能顛覆秩序。范閑的真實身份和葉輕眉孩子的事情在京都知道的人非常少,所以一旦別人知道了范閑經(jīng)常來太平別院的事,范閑的真實身份可能會曝光。慶帝派兵把守太平別院,可能是因為他知道那里與眾不同,但具體湖底有什么秘密還不得而知。