三、對西、南少數(shù)民族
建武十二年（36年），九真郡徼外蠻里張游內(nèi)附漢朝，光武帝封為歸漢里君。翌年，南越徼外蠻夷獻白雉、白菟。
至十六年，交址郡女子征側(cè)及其妹征貳造反，攻擊郡城。九真、日南、合浦的少數(shù)民族都紛紛響應(yīng)，攻陷六十五城，自立為王。交址刺史及諸太守僅得自守。光武帝乃詔長沙、合浦、交址具車船，修道橋，通障溪，儲糧谷。建武十八年（42年），光武帝派遣伏波將軍馬援、樓船將軍段志，發(fā)長沙、桂陽、零陵、蒼梧兵萬余人討之。翌年夏四月平定叛亂，斬征側(cè)、征貳等，其余都投降，將其渠帥三百余口遷徙到零陵。
光武帝在位時，武陵蠻強盛。建武二十三年（47年），武陵蠻精夫（酋長）相單程等據(jù)其險隘，騷擾郡縣。光武帝遣武威將軍劉尚發(fā)南郡、長沙、武陵兵萬余人，乘船溯沅水入武溪討伐武陵蠻，全軍覆沒。建武二十四年（48年），相單程等下攻臨沅，光武帝派遣謁者李嵩、中山太守馬成討伐，不能消滅。翌年春，光武帝又遣伏波將軍馬援、中郎將劉匡、馬武、孫永等率兵至臨沅，擊破相單程，相單程投降，東漢在當?shù)卦O(shè)置吏司，武陵蠻問題遂告解決。
光武帝平定公孫述后，亦開始經(jīng)營西南夷地區(qū)。他封保境安民的益州郡太守文齊為鎮(zhèn)遠將軍、成義侯，承認邛都夷人長貴的邛谷王、越巂太守的地位。對于少數(shù)民族叛亂則予以鎮(zhèn)壓，如建武十八年（42年），夷渠帥棟蠶與姑復(fù)、楪榆、梇棟、連然、滇池、建伶、昆明諸種反叛，殺長吏。光武帝于翌年派遣武威將軍劉尚等發(fā)廣漢、犍為、蜀郡人及朱提夷，合萬三千人討伐，建武二十年（44年）與棟蠶等連戰(zhàn)數(shù)月，全部擊破。
翌年正月，追至不韋，斬棟蠶帥，平定云南地區(qū)，同時劉尚又派兵誅殺了企圖借勞軍為名毒殺他的長貴，遷徙其家屬于成都。建武二十七年（51年），哀牢王賢栗等率部眾向越巂太守鄭鴻投降，請求內(nèi)屬。光武帝封賢栗等為君長。從此哀牢每年都來朝貢。
四、對東、北少數(shù)民族
建武年間，東夷各族都來東漢朝貢覲見。建武二十五年（49年），夫余王遣使奉貢，光武帝給予豐厚回報，于是每年都有使者朝貢。
王莽時，貶高句驪王為下句驪侯，導(dǎo)致東北邊疆不安。光武帝即位后，高句驪遣使朝貢，光武帝復(fù)其王號。建武二十三年（47年）冬，句驪蠶支落大加戴升等萬余口詣樂浪郡內(nèi)屬。建武二十五年（49年）春，句驪侵擾右北平、漁陽、上谷、太原，遼東太守祭肜以恩信招撫，于是又歸順漢朝。另一方面，光武帝廢除了控制沃沮的樂浪東部都尉，封其渠帥為沃沮侯，后沃沮臣屬句驪。
光武帝初年，烏桓與匈奴聯(lián)合騷擾邊境，代郡以東尤被其害。建武二十一年（45年），光武帝派遣伏波將軍馬援將三千騎出五阮關(guān)攻擊烏桓，未能成功。建武二十二年（46年），匈奴內(nèi)亂，烏桓趁機擊破匈奴，光武帝就向烏桓贈送布帛。建武二十五年（49年），遼西烏桓大人郝旦等九百二十二人歸順東漢，光武帝乃命大會勞饗，賜以珍寶。烏桓或愿留宿衛(wèi)，封其渠帥81人為侯王君長，都居于塞內(nèi)，負責招撫烏桓部落，并為東漢偵察情報，協(xié)助攻擊匈奴、鮮卑。
后光武帝依據(jù)司徒掾班彪的建議，恢復(fù)設(shè)置護烏桓校尉。
另一方面，鮮卑也在光武帝初年與匈奴、烏桓騷擾北部邊境。建武二十一年（45年），鮮卑與匈奴入侵遼東，被祭肜擊破，全軍覆沒，由此畏懼東漢。建武二十五年（49年），鮮卑開始遣使朝貢東漢，后鮮卑都護偏何協(xié)助漢朝擊潰北匈奴，得到賞賜。建武三十年（54年），鮮卑大人于仇賁、滿頭等率種人來到洛陽朝賀，正式歸順漢朝。光武帝封于仇賁為王，滿頭為侯。
外交上：
一、漢倭奴國金印。早在漢朝時期，日本列島已經(jīng)有國家向中國奉貢朝賀了。在中國古代史籍中，最早對日本作出具體記載的是《三國志·魏書》的《倭人傳》。該傳認為在中國漢朝時，倭國已開始遣使交通，“漢時有朝見者”。劉秀還是中國歷史上最早接見日本使者的帝王。
建武中元二年（57年），劉秀接見倭國使者，使者表示愿為漢臣藩。求漢皇賜名，漢以其人矮，遂賜“倭國”。并向倭人“賜以印綬”之事。[68]使者又求漢皇賜封，劉秀又賜其為“倭奴王”。當時，日本想借著臣屬于漢王朝樹立自己權(quán)位和王位。因此舉國大喜。1784年在日本九州地區(qū)福岡縣的志賀島上，一個名叫甚兵衛(wèi)的農(nóng)民發(fā)現(xiàn)了一件古物——一枚中國漢朝時期的金印。上面刻有“漢委奴國王”三行五個字的金印，便是中國《后漢書》里記載的劉秀所賜印章。
該金印被認為是劉秀授予當時日本倭奴國主作為藩屬國的認證。而劉秀之所以賜給委奴國王蛇鈕金印，以諸侯王的規(guī)格相待，說明漢朝對于委奴國遣使的高度重視，廣言之，也就是對于與日本列島交往的重視。
二、從公元93年起，南匈奴內(nèi)部的關(guān)系和東漢之間的關(guān)系日趨緊張。在以后的100年中，形勢變得越來越復(fù)雜和難以捉摸，他們時而公開沖突，時而進行有限的合作。在公元2世紀末，南單于在山西南部居住，這里大大地靠近了東漢帝國的中央部分。
他們的后代于公元308年就在這里起來反對西晉。西晉之亡，中國北部的喪失和持續(xù)到公元589年的分裂時期，是光武帝的目光短淺的政策的直接后果。他后來的幾個皇帝由于沒有更正他的錯誤，盡可能的以分散和同化的手段削弱南匈奴，所以也應(yīng)該受到指責，但作為錯誤的源頭，光武帝劉秀還是負主要責任。一朝引狼入室，禍患不會一下而止。