長毛賊（太平軍）自桂林四月二十二日撤圍后，毫不費力地占領了興安，然后分水陸兩路兵馬大張旗鼓殺奔全州，約在四月二十五日抵達全州。此時，守城的全州知州曹燮培、參將楊映河帶領著2000人鎮(zhèn)守城池，湖南寶慶的協(xié)都司武昌顯也率有兵丁3000人奉咸豐帝旨入桂，兩者共計約5000人，兵力十足。為固守城防，曹燮培招募有民團，并強征婦女上城熬粥，釋放出城里的囚犯來與太平軍對戰(zhàn)，總兵力有6000余人。
實際上，當時太平軍并沒有要攻打全州的打算，打算和平過境，迅速擺脫追兵，陸路軍只繞城而過，水軍前鋒已經到達了全州鎮(zhèn)的蓑衣渡。全州守軍也不敢出城挑釁。太平軍前隊已過多時，可是偏偏有一個守城的清軍不識時務，自恃有從桂林跟隨而來的援軍，因而挑起戰(zhàn)端。
其時，天王洪秀全中軍部屬抬著天王中軍大旗路過全州城外，全州一炮兵看見后隊有一顯眼大旗，知道是太平天國的中軍路過，忍不住向黃旗放了一炮。這個炮兵確實是一個神炮手，僅一炮即命中了黃旗，中軍大旗應聲而倒，這炮打得太過犀利了，這還了得，天王洪秀全也被這一炮極大地激怒了，致使太平軍全軍都悲憤不已，洪秀全、楊秀清決定命令回師攻城，已過境的前隊紛紛開回，定要血洗全州，于是楊秀清下令所有太平軍人馬回師攻打全州城。
太平軍在全州城先是從東、西、南三面對城池進行圍攻，全州城的守軍雖不多，但城墻堅固，西面城墻高有一丈五六，東面城墻也高達丈二三，城墻上每隔二、三十步遠就有一個可住十人的小房，城門是用石頭筑成的，加上守軍準備充足，又釋放有囚犯出來作戰(zhàn)，在城上又有強征的婦女幫煮粥熬桐油，桐油中和上松脂或大糞，以至太平軍多次使用呂公車、云梯攻城都被清軍擊退，守城的清軍將滾燙的桐油稀粥往下潑，或浸泡竹筒將滾熱的桐油射到攻城的太平軍身上，受傷的太平軍皮肉腐爛不堪，卻無藥可醫(yī)，因此死傷非常之多，太平軍圍攻了10日（五月五日），仍沒有將全州城攻破，太平軍為此發(fā)誓，破城之后要蕩平全州城，不留任何一個戰(zhàn)俘。
其時，從桂林一直尾隨太平軍的清軍提督余萬清、劉長清則率領著萬余清兵，因懼怕太平軍聲勢，駐扎在全州城西門外，為保住自身性命，一直在城西的魯板橋和城北的太平鋪兩地觀戰(zhàn)，始終不敢和太平軍接仗。曹燮培見孤城危在旦夕，先后三次用血書向余萬清和劉長清救援，但余萬清和劉長清一直都置之不理。因城里的清軍的守城人數有限，隨著太平軍不斷的加緊攻勢，已感到無力支撐了。這時，駐扎在全州江西會館的太平軍，利用門前的戲臺窗眼，架設炮位將炮彈打進全州城里，守城清軍見有炮彈飛來，一直不敢抬頭，太平軍開始趁清軍顧不上這里看守的時候，開始組織人馬挖掘地道。
1852年5月8日地道得以掘成，太平軍即用棺材裝滿16擔火藥埋入城墻底下，隨著“轟隆”一聲巨響，城墻被炸開二丈有余，太平軍乘著硝煙彌漫之際，發(fā)起了沖鋒，一舉攻入了全州城內，入城后馬上開始四處搜索敵人，大開殺戒，當場就擊斃了千總葉永林，把總張之福、前州牧瑞麟。知州曹燮培在城還沒有破時就蜷縮在城東義倉底之下，被太平軍搜出后當場殺死，太平軍入到全州城后這一通斬殺，到第二天中午才收手，破城之后，6000多名守軍無一生還。
攻克全州城后，太平軍在城內休整了三天，然后分水陸兩路大軍繼續(xù)向湖南永州進發(fā)。
太平軍攻破全州莊之后（五月11日），向湖南進軍是走水路，準備沿著湘江浩浩蕩蕩地開向長沙。當時，在水塘灣的兩岸都駐有大量的清兵，清兵奉咸豐帝旨意埋伏在蓑衣渡，當時太平軍的東西很多都是用船來運輸，大約有大小船只百多只，在河里十分壯觀，這船上都裝得滿滿的軍用物資。蓑衣渡位于全州縣城約五公里的地方，此地形勢險要，據文獻記載，蓑衣渡大道，系楚、粵往來道衢，山徑崎嶇，行路多難，前經修砌，業(yè)已過半，今復繼續(xù)。告劂成功，兩旁絕荊棘，挑工，拾俠頻往來。蓑衣渡大路，上通州城，下達湖南，雖非關津，實為通衢，可見蓑衣渡在當時是交通要渡。
長毛賊先頭部隊早已經出發(fā)，天平天國南王馮云山作為戰(zhàn)爭的總指揮，一般是在中間作為重點保護對象，同時，后方押著糧草及一些兵器軍用物資。然而，壞就壞在南王的行軍過程太張揚，當時，有名清軍看見有一乘非常氣派的大人物，旁邊很多人簇擁著前進，剛好站在山坡上一名清軍參將部下炮兵看見，他們看這架勢，肯定是太平天國的一把手，俗話說，挽弓當挽強，用箭當用長，射人先射馬，擒賊先擒王。這士兵也不請示領導，不等待命令，就一時沖動，遂取出火燃的那種土炮，對準那隊大人物人馬，轟然一聲，果然被炮擊中，這群被保護大人物，正是是太平天國副軍師后軍主將開國第一功臣南王馮云山，他受了重傷。
當時，太平軍見清軍的一支不大的炮打傷了主要領導，就馬上進行了報復性打擊，剛好太平軍有一門專用保護領導的九節(jié)銅炮，很大，很重，也很貴重，這個銅炮一般情況下很少使用，但在這個節(jié)骨眼上，向打中南王的清軍開了一炮，那可以說是驚天動地，把清軍駐扎旁邊一棵足要五六個人才能圍抱的大樟樹都轟倒了，那一批清軍連同放炮那小子，也一同打下江去喂魚了，可見其威力是非常巨大的。雖然仇是報了，可是，太平天國真正的創(chuàng)始人南王馮云山卻永遠閉上了眼睛。
太平天國南王馮云山被炮擊身亡。開創(chuàng)了清軍和太平天國開戰(zhàn)以來第一位被殺主要開國創(chuàng)始人，咸豐帝在接到八百里奏報時已經在一個多星期后了。隨后咸豐帝大喜，下旨嘉獎有功之臣，整個朝廷上下振奮。