第十一集-侵蝕
夜晚，空無一人的街道上，幾輛軍用運輸車在街道上行駛著。突然，一個巨大的黑影出現在他們面前，而這，就是新的使徒。
三位駕駛員也緊急出動，換好了作戰(zhàn)服登上了EVA，巧也出動了。碇巧瞬移一棟大樓的樓頂，巧打著哈欠，穿著睡衣站在那里，然后叫出了最終號機。
碇巧：真是的，大晚上的搞事情，還讓不讓人睡覺了。啊~接下來的就交給你了最終號機。
最終號機點了點頭。
碇巧：唉，別點頭啊，前兩天不是給你裝了語言系統嗎，說個話唄。
最終號機：Yes， master.（是的，主人）
碇巧：那么，我回去接著睡了啊。
碇巧瞬移了回去，最終號機面對使徒說道“Angels，It's time for your death”（使徒，你的死期到了）
?。ㄟ@里的英文都是用軟件機翻）
這時初號機和二號機到達戰(zhàn)場，三臺EVA準備一同解決使徒，看還沒開打，使徒便化成一攤液體，如同雨點般灑落在地上，有的灑在運輸車上。隨著使徒的消失，警報解除，周圍沒有圖樣為藍色的反應。
工作人員將地上和車上的液體清理完畢后繼續(xù)趕路。到了第二天，運輸車到了NERV，上面的物資經過NERV的檢測無誤后拿去更換了以前的舊零件。零件更換完畢后基地再次運轉起來，所有的人都在自己的工作崗位上，干著平常一直干的事，沒有過多的在意昨晚使徒為什么逃走的事。
到了晚上，工作人員都準備下班了，但是電路突然出現問題，整個基地的燈都熄滅了，電路維修人員前往總閘那里看看出了什么問題，打開電閘一看，絕大多數電線都沒有問題，只有少量電線燒斷了，這就有點奇怪了。在維修電源的時候備用電源啟動，基地繼續(xù)運轉。
赤木在工作室里整理資料時，電腦發(fā)生故障，像是被病毒入侵一樣，并且電腦完全不受控制，關機了，電腦亮著，拔了電源，電腦還是亮著，赤木搞不懂這是什么情況，這時，電腦恢復了，因為拔了電源自動關機了，赤木插上電源等待電腦重啟。
重啟完畢，赤木查看有沒有什么文件丟了的時候，電腦收到一條不明信息。
“My name is terror.”
?。ㄎ业拿纸锌植溃?p> “Now NERV has been occupied by me.”
（現在NERV已經被我占領）
“Humans， assimilate with me”
?。ㄈ祟惏?，與我一起同化吧）
赤木察覺事情不對，立刻拉下警報，頓時整個NERV基地陷入混亂中，所有的電子設備都收到了這條短信，而收到短信的設備都被入侵了系統，現在的NERV里沒有任何電子設備不被入侵的。
會議室里，赤木把事情說了出來，眾人討論著該怎么解決這件事。許多的人都發(fā)表意見，但是依然沒有人想到兩全其美的辦法，這時真嗣感覺不適先離開了，凌感覺不對，偷偷的跟著真嗣。
真嗣一路扶著墻壁捂著胸口走著，“我明明是個死人，怎么，會有，這種感覺”真嗣嘴里說道。走著走著，真嗣突然跪倒在地，凌見狀立刻上前扶住，真嗣捂著頭，表現出很痛苦的表情，身體里的血管單元發(fā)出詭異的紅光，蔓延全身，眼睛也變成紅的，真嗣痛苦的大叫了出來，隨后失去意識。
當真嗣再次睜開眼睛時，紅色的眼睛閃了一下變成藍色的眼睛，真嗣站了起來，凌尋問真嗣是怎么了，而真嗣反手一巴掌揮了過去，說到“I'm not Shinji，My name is terror”（我不是真嗣，我叫恐怖）
隨后恐怖控制著真嗣的身體走了，凌回到會議室把事情跟眾人說明了一下。
赤木：快！去把真嗣找回來，那個自稱恐怖的一定入侵了真嗣腦內的芯片。
明日香和凌立刻去找真嗣，而在這之后，基地里的設備慢慢的恢復了，幾人立刻使用攝像頭尋找真嗣的蹤跡，在找的過程中，系統檢測真嗣時掃描出來的圖樣為藍色，是使徒。
赤木聯系到了兩人，把事情告訴了她們，而這時她們也找到了真嗣。
明日香：真...不，恐怖！把真嗣還回來！
恐怖：What did you say?Back to you?stop kidding！Come and grab it if you want it!（你說什么？還給你們？別開玩笑了！想要就來搶吧?。?p> 兩人為了救回真嗣于是與使徒恐怖開打，但人家是使徒，普通人類根本對抗不了，就這樣，明日香和凌被恐怖完虐，一直打到深夜，兩人還沒放棄解救真嗣。
恐怖：Wow! Wow! Wow!I can't believe it lasted so long，But， that's it.（哇！哇！哇！居然可以堅持這么久，但，也就這樣了）
恐怖將兩人抓起狠狠的扔了出去，兩人狠狠的摔在地上，血都要打出來了。這時碇巧瞬移了過來，手上拿著一把狙擊步槍，腰上掛著兩把軍用手槍。
巧：You are terror?Let me meet you.（你就是恐怖？讓我來會會你）
碇巧單手舉起狙擊步槍把大槍當手槍使，子彈一發(fā)一發(fā)的打出，使徒躲過了幾發(fā)，但還是有幾發(fā)打中。使徒怒了，以超快的速度奔向碇巧，一拳打出，然后就被碇巧接住了，使徒感到驚訝，就算是目前世界上反應最快的人都沒有把握接下來的速度，卻被碇巧輕松接下。
使徒想要掙脫碇巧，但再怎么用力都是沒用，碇巧把使徒的手抓的緊緊的，然后也是反手一巴掌將使徒打在地上滾了幾圈。碇巧說上次給她們的手表呢，兩人拿出了手表，碇巧要她們戴上，然后大喊一聲“啟動”
大喊過后，手表接受到了指令，隨后手表變形裝甲，覆蓋使用者全身。
明日香：這是什么？
碇巧：EVA裝甲，可以使使用者的體能在短時間內超越常人。
碇巧將另外兩把手槍交給了她們，與使徒展開戰(zhàn)斗，就這樣，雙打的不可開交，又從深夜打到日出，眾人體力都消耗的差不多了，這回，使徒玩膩了，不想在浪費時間了。
恐怖：You forced me?。ㄊ悄銈儽莆业模?p> 使徒再次侵入NERV，強行發(fā)射初號機，二號機，零號機，三臺EVA，并通過侵入網絡控制三臺EVA。
碇巧：最終號機。
最終號機：Yes， master
戰(zhàn)斗開始，面對三臺EVA，最終號機雖然沒有落入下風，但還是陷入苦戰(zhàn)，恐怖控制真嗣繼續(xù)很她們打，碇巧就在一旁看著。
凌：你在哪看著干嘛，不幫一下嗎。
碇巧：抱歉，比起這里，我先去解決EVA好了。
碇巧丟下狙擊步槍，蹲了下來，彎下了腰，呈現出一種野獸準備捕食的樣子。隨后整個身體發(fā)出藍光，頓時一個巨大的身影出現。它身體呈藍色，全身有著彩色的條紋，兩邊各有三只眼睛，背部有巨大的背鰭和兩對收起的翅膀，小臂和小腿部都有鋒利的利刃，每根手指都有爪子，頭部長的類似初號機，頂著長長的角，頭上頂著一個天使光圈。
兩人和恐怖都驚呆了，“這個就是他的本體嗎？”凌說道。而系統檢測出來的圖樣是白色，不明物體，危險程度不明，其身體內有著比所有使徒都要高出許多的高能反應。
NERV也不能閑著，他們用一個晚上的時間編輯了一道反入侵的程序，打算反向入侵使徒，把真嗣救出來。赤木和其他技術部人員努力的敲著鍵盤，一層一層的反向攻破使徒。
碇巧：時間緊迫，只好秒了你們了。
說完便張開了嘴巴，體內高能反應增強，發(fā)射出一道光線，三臺被控制的EVA躲過了攻擊，而攻擊幸運的打到了遠處的海面上，頓時海面掀起巨浪，就算隔個幾百里都能清楚看到海面濺起的巨浪。如此強大的力量如果擊中城市那還得了。碇巧意識到了這點，開始肉搏戰(zhàn)，然而還是沒過多久就被秒了。
現在使徒面對明日香和凌的攻擊，控制著三臺巨型的機器，還和反入侵程序作斗爭，能力也漸漸的跟不上了。因為如此，系統漏出破綻，反入侵程序成功入侵使徒里面，兩人趁機將使徒擊倒。
但還沒完，要怎么將使徒和真嗣分離呢？碇巧變回來原來的人型，看著被使徒入侵昏倒的真嗣，他隨手一抓，從真嗣體內抓出一攤黑色的粘稠液體，這就是使徒的本身，微小到肉眼看不見的納米生物。
過了一會，真嗣醒來，碇巧把有關EVA裝甲的資料給了她們，隨后便離開了。
第十一集-完
預告：漆黑的夜晚，使徒出現在城市之中，宛如傳說中黑夜的吸血鬼，等待獵物的到來。
下集：吸血鬼的狩獵