漩渦鳴人表示要嘴遁漩渦長(zhǎng)門，讓漩渦長(zhǎng)門犧牲自己復(fù)活木葉村的人，然后漩渦長(zhǎng)門卻撒了一個(gè)謊，表示自己做不到，并且向漩渦鳴人表達(dá)自己只能復(fù)活一個(gè)人，然后自己就會(huì)死去。
所以木葉村就這么的毀滅了。
樹倒猢猻散，許多木葉村還活著的上忍都離開了木葉，中忍也是一樣，還有一部分的下忍，這一下火之國(guó)就亂套了，因?yàn)槿陶呤且粋€(gè)不事生產(chǎn)的職業(yè)，這也就意味著許多的忍者回去成為劫匪，山賊一類的存在，所以火之國(guó)大名不得不請(qǐng)求其他的忍村介入此事。
當(dāng)然其他的忍村介入，就代表著水之國(guó)，風(fēng)之國(guó)，雷之國(guó)，土之國(guó)的介入。
所以火之國(guó)也算是名存實(shí)亡了，不過依舊還是大名就是了，畢竟忍者是一個(gè)不事生產(chǎn)的職業(yè)，那么就需要依靠大名。
而對(duì)于利姆露來說，滅亡了的木葉村，再待下去的話，就顯得非常的顯眼了，于是利姆露與其他的上忍一樣，成為了木葉村的叛忍，帶著木葉村的財(cái)產(chǎn)跑路了。
留下來的只有一些忠于木葉的忍者，比如旗木卡卡西，邁特凱，夕日紅，自來也，以及部分忍者家族，這下就算是木葉村要重建，也是重新洗牌了。
因?yàn)橛钪遣ㄒ蛔逡呀?jīng)獨(dú)立了出去，畢竟宇智波死了那么多的族人，而這一切都是木葉的錯(cuò)，日向也死了那么多的族人，可惜的是日向沒有獨(dú)立出去的實(shí)力，還是加入了重建過后的木葉。
于是忍者世界迎來了一群新的叛忍，這一群叛忍都是木葉村的忍者，并且在漩渦長(zhǎng)門被俘虜?shù)臅r(shí)候，加入了新的曉組織，這個(gè)新的曉組織是以小南為首領(lǐng)的。
這個(gè)新的曉組織不是只收精英忍者，而是什么忍者都收的。
當(dāng)然只有在這個(gè)組織中活下來，才算是通過了這個(gè)組織的考驗(yàn)，不然的話也就只有成為炮灰然后送死了。
漩渦長(zhǎng)門被俘虜了，所以現(xiàn)在的曉組織第一個(gè)目標(biāo)就是將漩渦長(zhǎng)門營(yíng)救出來，因?yàn)橹挥心菢?，月之眼?jì)劃才可以實(shí)施，世界才會(huì)真正的和平。
為了宇智波斑，也就是宇智波帶土說的月之眼計(jì)劃，輪回眼是必不可少的，所以必須將漩渦長(zhǎng)門營(yíng)救出來，而且宇智波一族也已經(jīng)脫離了木葉，所以不需要擔(dān)心宇智波鼬以及宇智波止水的插手，這一次，曉組織直接進(jìn)攻了現(xiàn)在正在重建的木葉。
這一次，為了應(yīng)對(duì)曉組織的攻擊，所以邁特凱開啟了八門遁甲，一路開到了第八門，在擊殺了大部分曉組織的雜魚以后，邁特凱就陣亡了。
啊，原來邁特凱的作用僅僅只是用來清理雜魚的啊。
現(xiàn)在邁特凱死了，卡卡西也只能開啟八門遁甲的第一門。
面對(duì)無數(shù)敵人，卡卡西開啟了燃燒自己的生命力，開啟了第二門，第三門，可惜也只能開啟第三門，然后卡卡西就生命力耗盡，陣亡了。
自來也抓住了自己的預(yù)言之子，也就是漩渦鳴人，然后逆通靈術(shù)跑路了。
利姆露也成功的收集到了八門遁甲的數(shù)據(jù)，經(jīng)過利姆露的改良，現(xiàn)在的八門遁甲是已經(jīng)可以常態(tài)開啟的了，并且不用透支自己的生命力。
于是卡卡西的陣亡，邁特凱的陣亡，還是有著意義的。
利姆露學(xué)會(huì)了八門遁甲以后，就不在關(guān)注木葉與曉組織的大戰(zhàn)了。
因?yàn)槟救~的高層已經(jīng)逃跑了，包括千手綱手，以及水戶門炎，轉(zhuǎn)寢小春。
因?yàn)槟救~的高層逃跑了，所以底下的忍者除了忠心的之外，也沒有在抵抗，包括日向家族。
畢竟這些家族也不是真心忠于火影，而是看清了形式。
現(xiàn)在要他們換一個(gè)首領(lǐng)，他們也一樣看得清形式，這些人一直忠于自己，而不是忠于他人。
猿飛家族抵抗著，志村家族抵抗著，所以滅族了。
豬鹿蝶家族放棄了，所以活了下來。
夕日紅看著自己的愛人，猿飛阿斯瑪死了，所以自殺了。
御手洗紅豆也放棄了抵抗，看著自殺的夕日紅默默無言。
木葉村被曉組織覆滅了，而火之國(guó)也徹底的被雨隱村納入了自己的版塊中。
因?yàn)榛鹬畤?guó)的覆滅，并且雨隱村納入了火之國(guó)的版塊，所以忍界大戰(zhàn)又開始了。
利姆露也通過了木葉村的魔力印記互相分裂的原因，魔力印記成功的分裂到了小南的身上，收集到了小南紙遁的能力。
宇智波帶土在卡卡西死亡的時(shí)候，將卡卡西的眼睛收了回來，這一下宇智波帶土的實(shí)力大增，因?yàn)橛钪遣◣恋囊恢谎劬ψ兂闪艘浑p眼睛了。
而且都是萬花筒寫輪眼。
曉組織的實(shí)力再次加強(qiáng)，并且成功的解救了漩渦長(zhǎng)門，漩渦長(zhǎng)門成功回歸曉組織，并且要讓世界感受痛楚。
面對(duì)曉組織的威脅，所以四大忍村聯(lián)合了起來，成為了忍者聯(lián)軍，就像原著打宇智波斑一樣。
面對(duì)忍者聯(lián)軍，曉組織一點(diǎn)也不慌，并且已經(jīng)淘汰掉了組織內(nèi)的大多數(shù)雜魚，所以剩下的雜魚都認(rèn)為自己是精英，可以對(duì)抗忍者聯(lián)軍。
借助帶土的神威之術(shù)，曉組織的漩渦長(zhǎng)門傳送到了巖隱村上空，然后一個(gè)“辛辣天塞”，巖隱村就炸了。
傳送到云隱村上空，一個(gè)“辛辣天塞”，云隱村炸了。
傳送到霧隱村上空，一個(gè)“辛辣天塞”，霧隱村炸了。
傳送到砂隱村上空，一個(gè)“辛辣天塞”，砂隱村炸了。
然后傳送到土之國(guó)國(guó)都，水之國(guó)國(guó)都，雷之國(guó)國(guó)都，風(fēng)之國(guó)國(guó)都，辛辣天塞，全部炸了。
忍者聯(lián)軍接到了消息，士氣大跌。
小忍村瑟瑟發(fā)抖，并且因?yàn)樗麄兩砗蟮拇竺玖顺鰜怼?p> 結(jié)果被曉組織派出的一些雜魚，就給解決了。
宇智波家族由于有著三大高手，宇智波富岳，宇智波止水，宇智波鼬。
這三大高手都開啟了萬花筒，所以根本就不怕曉組織，曉組織也沒有招惹他們的打算，就這樣一直相安無事。
木葉高層的水戶門炎和轉(zhuǎn)寢小春決定躲在通靈獸的專屬空間不出來了，所以就當(dāng)他們消失了吧。
所以木葉村只剩下了自來也以及千手綱手和漩渦鳴人了。
分別躲在三大圣地的兩大圣地中。