自劉秀稱帝之后，天下一片混沌，尋常之人，一時(shí)之間，自然找不到未來(lái)的方向。民間百姓關(guān)注的，也只是誰(shuí)能給予他們衣服、糧食和住所，而不會(huì)去關(guān)心誰(shuí)是將軍、誰(shuí)是帝王。真正關(guān)注誰(shuí)做皇帝的，不過(guò)是那些王侯將相，王公貴族。他們?yōu)榍笞员＃捅仨毑粩嗟剡M(jìn)取。所以至此天下大亂之際，各處紛紛起兵。
即使在更始朝廷內(nèi)部，無(wú)論是小小士人抑或者是王侯將相，都各自暗懷鬼胎，他們從內(nèi)心深處，都不再擁護(hù)劉玄，只是各自的出路，卻都有所不同。
眼下，赤眉軍一路西進(jìn)，更始政權(quán)的中央政權(quán)遭受到赤眉軍的沉重打擊。眼看大廈將傾，卻無(wú)一人愿意出來(lái)力挽狂瀾。并不是他們沒(méi)有實(shí)力，而是他們不愿意再為更始帝劉玄賣(mài)命。例如此刻的更始政權(quán)內(nèi)部，張步為求一方諸侯的地位，遂起兵于劇縣，李憲為保自己不和劉玄一般衰敗，亦占據(jù)了廬江，秦豐則盤(pán)踞在黎丘四處觀望。當(dāng)然，這之中，尚還有一些原綠林系的將領(lǐng)，為了維持中央政權(quán)的穩(wěn)定，依舊鎮(zhèn)守四方，例如朱鮪守衛(wèi)洛陽(yáng)，尹尊屯駐郾城，劉賜守備宛城。僅僅洛陽(yáng)城以及周邊的守軍，就達(dá)到二十萬(wàn)人以上。再加上其余各地的更始軍隊(duì)，兵馬總數(shù)更是在五六十萬(wàn)左右。如果能夠統(tǒng)一起來(lái)，再有一位得力的統(tǒng)帥，逐鹿中原之日，他們也未嘗不可一問(wèn)鼎之輕重?？上麄?yōu)榱俗约旱睦?，選擇各自為戰(zhàn)，最終免不了被敵人各個(gè)擊破的結(jié)局。而反觀天下大勢(shì)，除了劉玄、樊崇、劉秀等人具備爭(zhēng)奪天下的實(shí)力之外。
邊陲之地，亦不乏能人異士、實(shí)力強(qiáng)橫之人，控制著益州、巴郡、牂牁、廣漢、犍為、蜀郡、永昌、越巂等地的“巴蜀之王”公孫述，控弦百萬(wàn)、戰(zhàn)將千員。
占據(jù)著天水、隴西、北地、上郡、安定、武都、西河七郡之地的隗囂，居高臨下、虎視中原；盤(pán)踞在河西敦煌、武威、酒泉、張掖、金城五郡的竇融，兵力強(qiáng)悍、戰(zhàn)將勇猛。這些人都是當(dāng)世一等一的梟雄，不僅具有問(wèn)鼎天下的野心，亦具備奪取神器的實(shí)力。
劉玄此刻正處于諸強(qiáng)環(huán)嗣的境地，早在遷都長(zhǎng)安之前，就有人對(duì)劉玄陳述遷都長(zhǎng)安的弊病，其間言道，遷都之弊，可見(jiàn)三點(diǎn)。
一者，遷都長(zhǎng)安，糧食供應(yīng)問(wèn)題難以解決。特別是脫離了河北、河南等地，天下糧倉(cāng)從此距離更始政權(quán)的首都千里之遙，繼而拱手讓出其在戰(zhàn)略上的主動(dòng)權(quán)，使得更始政權(quán)在戰(zhàn)略上陷入了極大的被動(dòng)。
二者，豪宅、美女、花花世界，這些曾經(jīng)都是劉玄為了鼓舞綠林系將領(lǐng)同意西遷長(zhǎng)安的砝碼，此刻卻成了劉玄滅亡的掘墓人，遷都長(zhǎng)安之舉，使得以綠林軍將領(lǐng)為核心的中堅(jiān)力量迅速腐化蛻變，日益墮落，喪失了進(jìn)取心，更始政權(quán)很快就沉溺在酒池肉林之中，喪失了奪取天下的決心和勇略。
第三，則使得更始政權(quán)在控制中原上，遠(yuǎn)遠(yuǎn)不如洛陽(yáng)方便。雖然此刻洛陽(yáng)依然在更始政權(quán)手中，但是“將在外，君令有所不受”。更始政權(quán)的中央權(quán)力機(jī)構(gòu)，其控制力甚至難以萬(wàn)全滲透到洛陽(yáng)各處，更何況是通過(guò)洛陽(yáng)虎踞中原、鯨吞天下呢？
當(dāng)然，對(duì)于遷都，劉玄也有他自己的考慮，司馬遷就在《上林賦》一文中這樣描繪長(zhǎng)安為中心的關(guān)中各地：“終始灞、浐，出入涇、渭、酆、鎬、潦、潏，紆余委蛇，經(jīng)營(yíng)其內(nèi)，蕩蕩乎八川分流，相背異態(tài)?！笨梢?jiàn)當(dāng)時(shí)關(guān)中之地，實(shí)在是富庶無(wú)比，遷都長(zhǎng)安，為更始政權(quán)的鞏固可以提供強(qiáng)大的助力；與此同時(shí)，劉玄也認(rèn)識(shí)到，當(dāng)時(shí)赤眉軍太過(guò)強(qiáng)大，兵力總數(shù)有幾百萬(wàn)之多，縱橫天下，幾乎無(wú)人能捋其鋒。而反觀洛陽(yáng)四周，一馬平川，幾乎沒(méi)有任何險(xiǎn)關(guān)要隘可守，如果敵人大軍攻破洛陽(yáng)四周屏障，那么洛陽(yáng)也必將成為別人的囊中之物。只有關(guān)中三輔，東有函谷關(guān)，西有大散關(guān)，南有武關(guān)。北有崤關(guān)，自古號(hào)稱為“四塞之國(guó)”，故稱關(guān)中。憑借關(guān)中險(xiǎn)要關(guān)隘，劉玄便可以躲避赤眉流民軍的正面攻擊。因此，遷都長(zhǎng)安不失為一個(gè)明智的舉動(dòng)；此外，劉玄一直自詡是劉室正統(tǒng)，自然要和西漢劉氏皇族一般，定都長(zhǎng)安，劉玄相信，這樣不僅可以保持軍事上的不敗地位，同時(shí)也能取得政治上的優(yōu)勢(shì)地位。
在利與弊的權(quán)衡之間，劉玄和更始政權(quán)的文武群臣最終選擇了從洛陽(yáng)遷都到長(zhǎng)安，只是當(dāng)時(shí)他亦有過(guò)疑慮，到底遷與不遷，誰(shuí)對(duì)誰(shuí)錯(cuò)。也許只有歷史本身，才能夠給予他最為正確的答案。
更始政權(quán)敗亡似乎已成不可挽回的事情，而加劇這種敗亡的，除了更始政權(quán)本身的腐敗無(wú)能、赤眉軍的一路西進(jìn)之外，還有以鄧禹為代表的劉秀漢軍的西征。更始三年（公元25年）正月，鄧禹率領(lǐng)他所挑選的兩萬(wàn)精銳部隊(duì)以及韓歆為軍師，李文、李春、程憲為祭酒，樊崇（與赤眉軍領(lǐng)袖同名，卻不是同一個(gè)人）為驍騎將軍，耿欣為赤眉將軍，宗歆為車(chē)騎將軍，馮愔為積弩將軍，鄧尋為建威將軍，左于為軍師將軍的領(lǐng)兵系統(tǒng)，揮軍西進(jìn)?？梢哉f(shuō)，為了這一場(chǎng)戰(zhàn)役，劉秀可謂是費(fèi)盡心機(jī)，大軍果然不負(fù)眾望，很快就突破太行山天險(xiǎn)，進(jìn)入上黨郡境內(nèi)。此后，大軍一路凱歌高奏，經(jīng)歷多長(zhǎng)或簡(jiǎn)單、或艱難的戰(zhàn)斗，先后攻陷了上黨郡內(nèi)的箕關(guān)以及河?xùn)|郡的首府安邑，鄧禹拿下安邑，不僅徹底平定了河?xùn)|郡全境，還有一個(gè)重大的收獲，他還得到了一員大將張宗。這張宗不僅驍勇善戰(zhàn)，而且精通兵法，正是鄧禹西征最為需要的人才，鄧禹利用其將才，在戰(zhàn)場(chǎng)上奮勇拼殺，加速了這場(chǎng)戰(zhàn)役的勝利進(jìn)程。不久，整個(gè)河?xùn)|郡都?xì)w入鄧禹囊中。數(shù)月之后，由于赤眉軍的任意燒殺搶掠，民心渴盼歸附，漢軍已經(jīng)招募了十幾萬(wàn)軍隊(duì)，并在衙縣與守城的更始政權(quán)名將，即中郎將、左輔都尉公乘歙的十幾萬(wàn)軍隊(duì)交戰(zhàn)中，大獲全勝。
面對(duì)鄧禹的大軍，劉玄憂心忡忡，擔(dān)心不久鄧禹大軍就會(huì)攻破自己苦心在東方構(gòu)筑的防線，突然出現(xiàn)在長(zhǎng)安城外。更讓劉玄擔(dān)心的是，皇朝內(nèi)部也出現(xiàn)了問(wèn)題，更始三年（公元25年）六月，王匡、張卬在河?xùn)|被鄧禹率領(lǐng)的西征大軍打得大敗，率領(lǐng)殘部倉(cāng)皇逃回長(zhǎng)安。這一下，算是徹底地驚醒了沉醉在溫柔鄉(xiāng)中的更始政權(quán)的諸位頭領(lǐng)，有人甚至建議，在長(zhǎng)安城中搜集財(cái)物，從赤眉軍中殺出一條血路，而后回到南陽(yáng)，以圖東山再起。這些話看似沒(méi)有什么道理，卻說(shuō)到綠林系諸位將領(lǐng)的心坎上去了，劉玄為此擔(dān)心，也許不久之后，自己的帝位會(huì)在皇朝破滅之前就不保。
王匡、張卬等人在向劉玄進(jìn)言之時(shí)，竟然被其大罵了一場(chǎng)，于是，眾人決定鋌而走險(xiǎn)：發(fā)動(dòng)兵變劫持劉玄，脅迫著他一起歸還南陽(yáng)。不過(guò)，僅僅靠綠林系的力量還不足以成事。為了確保政變成功，必須還要聯(lián)絡(luò)其他的力量。有人提出：御史大夫隗囂器略深遠(yuǎn)，可圖大事。這隗囂本是皇帝劉玄的心腹，官居御史大夫，然而，他卻為了保全更始政權(quán)，向劉玄進(jìn)言道：“陛下自從進(jìn)入長(zhǎng)安以來(lái)，舉措乖張，政務(wù)失馭，人心不附。臣以為，陛下不如遜位，歸政于國(guó)老劉良，如此一來(lái)，人心可安，赤眉自去?！眲⑿勓?，當(dāng)即大怒，這還是昔日自己倚為股肱的重臣嗎？劉玄考慮到眼下軍情緊迫，最終沒(méi)有殺他，擔(dān)心中已經(jīng)生出了嫌隙。隗囂也深有自知之明，此后一直稱病不上朝。
很快，王匡就找上了隗囂，雙方一拍即合。當(dāng)然，這并不代表隗囂就會(huì)甘心隨著王匡等人造反，他只是在尋求一個(gè)活命的機(jī)會(huì)，到他們發(fā)動(dòng)變亂之時(shí)，趁亂返回自己的老巢天水。可惜，人算不如天算，劉玄似乎對(duì)此有所覺(jué)察，緊急征調(diào)王匡、陳牧等人出鎮(zhèn)新豐，以去抵御赤眉軍。劉玄的這一舉措，徹底打亂了王匡等人的計(jì)劃。
王匡一走，留下的張卬等人明白，樊崇何等軍威，王匡此去，無(wú)異于以卵擊石，怕是“黃鶴一去不復(fù)返”了。為了保全性命和富貴，他們毅然決定，重新擬定計(jì)劃，同時(shí)找尋新的合作伙伴。這時(shí)的長(zhǎng)安，平氏王申屠建主持朝廷日常事務(wù)，韂尉大將軍、淮陽(yáng)王張卬，執(zhí)金吾、大將軍、穰王廖湛，隨王胡殷等三人則負(fù)責(zé)把持長(zhǎng)安城中的軍務(wù)。御史大夫隗囂則被冷落在一邊?？梢?jiàn)此時(shí)的劉玄，已經(jīng)極度不信任自己曾倚仗的御史大夫了。只是他沒(méi)料到，“夫妻本是同林鳥(niǎo)，大難臨頭各自飛?！蔽羧找粋€(gè)個(gè)宣誓忠于自己的這些大臣們，竟然聯(lián)合到一起，準(zhǔn)備在九月立秋日這天，趁劉玄出席“膢臘社伏”典禮的機(jī)會(huì)，將其劫持，然后搶劫長(zhǎng)安財(cái)寶，東歸南陽(yáng)。幸好這個(gè)計(jì)劃被劉玄的一個(gè)臣下知道，告知了劉玄，劉玄才得以未雨綢繆、把握先機(jī)。最終，劉玄決定要誅除申屠建、張卬、胡殷、廖湛、隗囂等五人為首的叛亂者，但只可智取，不可力敵。于是，他決意稱病，讓五人前來(lái)探望。隗囂似乎有所覺(jué)察，趁著他們進(jìn)宮、皇帝放松警惕的機(jī)會(huì)，準(zhǔn)備逃出長(zhǎng)安。也正是他，救下了張卬、胡殷、廖湛三人?；实蹌⑿?jì)劃等到五人悉數(shù)到齊之后，在一舉拿下他們，斬草除根。可惜隗囂一直沒(méi)到，劉玄便決定等等，然而通過(guò)明察暗測(cè)，張卬、胡殷、廖湛三人紛紛發(fā)現(xiàn)不對(duì)勁，于是一個(gè)個(gè)相繼找理由離開(kāi)。只有一向聰明的申屠建此刻卻是犯了糊涂，最終被劉玄抓住，斬首示眾。
劉玄立馬派人包圍御史大夫府，同時(shí)搜捕張卬、胡殷、廖湛三人。這三人一路直接回到軍營(yíng)，帶兵沖向御史大夫府。此刻鄧曄正在猛烈地攻擊御史大夫府，突然張卬、胡殷、廖湛帶兵前來(lái)，兩面夾擊之下，鄧曄頓時(shí)大敗。隗囂也趁勢(shì)帶兵西出長(zhǎng)安，趕回天水，在那里重新召集舊部，控制了天水郡一帶。從此，他自稱“西州上將軍”，割據(jù)一方，不再服從任何人的號(hào)令。而張卬、胡殷、廖湛三人，則迅速率領(lǐng)部隊(duì)包圍了皇宮，最終迫使劉玄倉(cāng)皇逃出長(zhǎng)安，奔赴新豐，投奔他的老丈人趙萌。
到達(dá)新豐，劉玄急忙命令王匡、陳牧、成丹來(lái)見(jiàn)他。陳牧、成丹等人不防劉玄設(shè)下陷阱，急忙應(yīng)命來(lái)到劉玄帳下。劉玄二話不說(shuō)，就命左右將這二人抓住，并問(wèn)這二人，是否知道自己有罪。陳牧、成丹二人自知大勢(shì)已去，遂沒(méi)有多加辯駁，便被推出帳外斬首。王匡因?yàn)槭侵鲗?，暫時(shí)幸免于難，但是“皮之不存，毛將焉附”？王匡知道，只要危機(jī)一過(guò)，皇帝就會(huì)對(duì)自己痛下殺手，于是，王匡迅速整合本部人馬，返回長(zhǎng)安。
此時(shí)，丞相李松帶領(lǐng)的勤王兵趕到，偕同趙萌手下的軍隊(duì)，一起反攻長(zhǎng)安。一個(gè)月之后，王匡等人敗逃，劉玄重新做回更始皇帝，只是經(jīng)此一役，本來(lái)就岌岌可危的更始政權(quán)，更加風(fēng)雨飄搖。就連劉玄曾經(jīng)發(fā)號(hào)施令的長(zhǎng)樂(lè)宮也不能再住，劉玄只能搬到長(zhǎng)信宮居住。
更始三年（公元25年）三月，赤眉軍在蓩鄉(xiāng)地區(qū)擊敗了丞相李松率領(lǐng)的更始軍主力，全殲其部三萬(wàn)多人，打破了更始政權(quán)在東線的重要防線。從此以后，赤眉軍一路高歌猛進(jìn)，又接連攻陷湖縣等更始重鎮(zhèn)，作為自己暫時(shí)的立足之地。此時(shí)，赤眉軍已經(jīng)是擁兵數(shù)十萬(wàn)，更對(duì)更始政權(quán)的中心所在長(zhǎng)安虎視眈眈。
本來(lái)，以更始政權(quán)和赤眉軍的相對(duì)實(shí)力而言，赤眉軍要獲取長(zhǎng)安，無(wú)異于探囊取物，容易之極。但是在這之前，樊崇還必須要冊(cè)立一個(gè)皇帝，同時(shí)理清各級(jí)職能部門(mén)的關(guān)系，只有這樣，才能約束流民軍，讓他們不至于到了千古名都長(zhǎng)安之后，得意忘形、胡作非為。同時(shí)，也能夠借此提高赤眉軍的凝聚力和戰(zhàn)斗力。
在此之前，隗囂的軍師方望，因擁立劉嬰而被劉玄派兵剿滅身死。他的弟弟方陽(yáng)逃往弘農(nóng)郡，向赤眉軍獻(xiàn)降。方陽(yáng)素有才智，被首領(lǐng)樊崇任用為謀士，參贊?rùn)C(jī)務(wù)。樊崇亦是一介武夫，對(duì)于朝中各處機(jī)要及其職能，所知甚少，只能向方陽(yáng)請(qǐng)教。方陽(yáng)當(dāng)然是知無(wú)不言、言無(wú)不盡。
其實(shí)，當(dāng)今天下諸侯政權(quán)的官職部門(mén)設(shè)置，大多數(shù)都是仿效西漢舊制。方陽(yáng)將這些慣例一一向樊崇解釋說(shuō)明，樊崇深以為善。
針對(duì)設(shè)立皇帝事宜，方陽(yáng)亦建議立劉氏宗族子弟為皇帝，名正言順地討伐天下群雄。六月中旬，赤眉軍行軍到了鄭縣（今陜西華縣）境內(nèi)，樊崇召集諸首領(lǐng)議事，決議向四方訪求一名劉氏子孫，將其立為赤眉天子。最終赤眉人馬尋到了景王劉章的后裔三人，分別是劉恭、劉茂和劉盆子。這三人的家族家道中落，從小沒(méi)有必要的教育，正好能夠被樊崇這等人所控制。然而，赤眉眾首領(lǐng)們卻沒(méi)有料到，竟然一下就尋到了三個(gè)合乎標(biāo)準(zhǔn)的人。到底應(yīng)該冊(cè)立誰(shuí)為皇帝，讓眾人頗為為難。最終，通過(guò)抓鬮的方式，劉盆子被流民軍奉為應(yīng)命天子。
天子既然冊(cè)立，劉盆子自然要開(kāi)始對(duì)這些功臣們封侯拜將，其中，樊崇為御史大夫，徐宣為丞相，逄安為左大司馬，謝祿為右大司馬，將領(lǐng)中自將軍楊音以下都封為列卿。當(dāng)然，實(shí)權(quán)都掌握在樊崇的手中，這徐宣雖然官居丞相，不過(guò)是拜樊崇不識(shí)字所賜。
樊崇的心結(jié)一解開(kāi)，攻取長(zhǎng)安的計(jì)劃便開(kāi)始著手施行了。開(kāi)始之時(shí)，赤眉軍還受到李松、趙萌、王匡、陳牧等人的頑強(qiáng)狙擊，首次接戰(zhàn)不利。但是不久，長(zhǎng)安就禍起蕭墻，內(nèi)亂不止。樊崇則在這期間率領(lǐng)赤眉軍主力掃蕩關(guān)中北部各縣，大肆掠奪糧食、輜重和財(cái)寶。九月，率領(lǐng)赤眉南下的樊崇在高陵大路旁邊，意外地遇到了王匡、張卬等更始叛將，他們紛紛跪下，向自己乞降，樊崇自然大喜過(guò)望。
不久，流民軍數(shù)十萬(wàn)大軍齊集長(zhǎng)安東都門(mén)外，不久便破城而入?？上⑿缇屯L(fēng)逃遁。樊崇急忙下令，追殺劉玄斬草除根。而此時(shí)的長(zhǎng)安城內(nèi)，也已經(jīng)亂作一團(tuán)。士兵們到此，在宵小將領(lǐng)的帶領(lǐng)下，四處奔馳。不僅老百姓的身家性命得不到保全，就連更始官署都會(huì)遭遇大難。連劉秀的養(yǎng)父都差點(diǎn)死于亂軍刀下，幸好最終為將領(lǐng)楊音所救。在楊音的秘密幫助之下，劉良率領(lǐng)家眷東逃，趕到洛陽(yáng)去投奔劉秀。楊音也因?yàn)榱⑾麓舜喂?，在赤眉兵敗之后，非但沒(méi)有受到責(zé)罰，反而為之拜將封侯。無(wú)獨(dú)有偶，天下諸侯之中，如楊音這樣良心未泯之人，倒是大有人在。其中，劉玄的部下趙熹就是這樣一個(gè)典型，他千里送京娘，將劉氏一門(mén)宗親子弟的妻子、兒女、母親等親人悉數(shù)保全，從長(zhǎng)安送到南陽(yáng)，讓劉秀大為感激。而趙熹則從此退隱江湖、不問(wèn)世事。直到二十五年之后，才被劉秀所知曉，劉秀一死，漢明帝劉莊繼位，趙熹變成了輔佐他的重臣，成就一代名相的偉業(yè)。