殺董卓時，伏羲也在現場，他冷眼旁觀，看到了董卓變身為巴艾爾的場景。
此時，從空中飛來一只神鷹，上面端坐一人，長發(fā)披肩，手執(zhí)扁拐，那不就是自己么？然后就是祭起八卦，時空扭轉，亞當顯身，殺了董卓！之后時空恢復，人們都以為是呂布殺了董卓，似乎他與亞當從未出現過！這時，伏羲才終于相信，這一切都是命中注定，結局不可改變！
作為誅殺國賊的首要功臣，自然少不了朝廷的嘉賞和人民的稱贊。于是，王允態(tài)度開始發(fā)生改變，有些飄飄然了：
“連董卓這樣不可一世的大奸賊都死于我的手下，還有什么可怕的呢？”
他便對任何人、任何事情都無所謂，毫不在乎，甚至居功自傲。每當群臣集會，王允很少像以前那樣和大家推心置腹，共同商討權宜之計，而是正襟危坐，面無和悅之色。慢慢地，群臣不再像以前那樣推崇和擁護他了。
當朝文學家蔡邕曾是董卓舊臣，聽到董卓被殺消息時，蔡邕正好和王允在一起。當時，蔡邕感到很突然，不禁臉色大變，發(fā)出一聲嘆息。王允勃然大怒，嚴厲指責：
“董卓是國家的罪人，禍國殃民，不可饒恕，你身為天子臣民，應該從大局考慮，從國家出發(fā)，共同聲討國賊，不想你念及他對你的一點私惠，竟然感到痛惜，這難道不是與董卓一個鼻孔出氣兒嗎？”
說完，不容分辯，立即將蔡邕押至廷尉處問罪。蔡邕有口難辯，但作為文學家和史官，他為了完成自己未完成的事業(yè)，繼續(xù)寫成漢史，便陳辭謝罪，自己愿意承受刺劍削足的酷刑以保全余生。士大夫們都十分同情蔡邕的遭遇，設法營救，卻毫無結果，太尉馬日磾專程前往王允住處，替蔡邕說情：
“伯喈（蔡邕字）是難得的曠世奇才，學問淵博，見多識廣，特別是對本朝故事了解頗多，應當給他機會，讓他繼續(xù)寫成史書；況且伯喈以忠孝聞名于士大夫，現在以莫須有之名給他判罪，恐怕有失眾望，不服人心！”
王允根本不聽勸告，反駁馬日磾說：
“先前漢武帝不殺司馬遷，讓他寫成謗書，流傳后世，現在國事衰敗，社會缺乏時代精神，不能讓蔡邕像司馬遷那樣，毀謗和誣蔑幼小的天子，因為這既對神圣的教化毫無益處，還使我們這些人遭到批評和指責！”
馬日磾無奈，只得退出，感慨地對別人說：
“王允這種作法恐怕不行吧！善待人才，這是一個國家得以維持和發(fā)展的命脈，而讓國家經典得以流傳，則是重視國家制度和創(chuàng)作的保障。如今，像王允這樣不重賢才，我們的國家能維持久遠嗎？”
可憐的蔡邕最后冤死獄中。之后，文武百官和士大夫對蔡邕的死議論紛紛，王允這才明白，蔡邕罪不致死，后悔莫及。
董卓死后，王允在如何安排和處理他的舊部時，反復無常，態(tài)度極不慎重，這正是王允最后走向滅亡的最直接原因。他先是想全部赦免董卓的部下，呂布也多次相勸，可繼而王允又對群臣解釋說：
“本來，他們是沒有罪的，只是身不由己，跟隨董卓，所以不得已聽從董卓差遣，犯了錯誤?，F在如果給他們突然加上惡逆的罪名，而且特定赦免他們，恐怕反而使他們猜疑恐懼，心理承受不了。所以，赦免他們無罪不是使他們安心的上上之策，還不如讓他們承受懲罰。”
呂布又想把董卓的財物賞賜公卿、將校，王允又不準。王允平日看不起呂布，以劍客對待他。呂布則認為自己有功，自吹自擂，既不得意，就漸漸與王允不和了。
涼州兵是董卓的嫡系部隊，戰(zhàn)斗力強，而且對董卓最忠心。董卓死后，如何處置涼州兵，是關系王允本人和東漢政權的大事。王允企圖削奪涼州兵將領的兵權，取締全部涼州兵，并且計劃利用關東兵去控制他們?？墒呛髞碛腥藢ν踉收f：
“涼州兵素來害怕袁紹，畏懼關東兵，而今，如果派關東兵去解散他們，涼州兵人人都會擔心性命不保，這樣，很容易引起兵變和混亂。還不如任命皇甫嵩為將軍，去擔任涼州兵的統(tǒng)帥，并讓他長期留在那兒，以便安撫軍心。”
王允堅決反對：“這樣絕對不行，關東兵是反董卓的義兵，與我們是同一條路線，現在董卓已死，如果繼續(xù)把他們屯在險惡之地，雖然安撫了涼州兵，但是關東兵將領會疑心我們不重視他們?！?p> 涼州百姓聽到王允想解散涼州兵的風聲，到處傳言，說王允要殺掉所有涼州人。于是，整個涼州人心惶惶，一片驚慌。涼州兵將領本來就成了驚弓之鳥，對自己的前途深感憂慮，當他們得知王允要削奪他們的軍權，解散涼州兵的消息后，更是驚慌。絕望的涼州兵尋思：反正是一死，不如死個痛快。于是他們迅速召集軍隊，嚴陣以待，準備見機起事，并且互相傳告：蔡邕只不過受了董卓的一點厚遇而已，王允便不分青紅皂白地把他殺了。對于我們，不僅沒有絲毫赦免的意思，反而想剝奪我們的兵權，置我們于死地。我們除了聯合起來，別無選擇。
當時，涼州軍中最有影響和實力的將領是李傕和郭汜。他們將所有涼州兵集合起來，誓師進軍都城長安。東漢官兵不堪一擊，不久，李傕、郭汜的部隊便攻陷長安。呂布慌忙領兵出逃，在青鎖門停住，招呼王允一同逃走。王允斷然拒絕，對呂布說：
“如果天子祖先在天有靈，能賜福社稷，保佑我們的國家平安無事，我就心滿意足了。如果愿望不能實現，我愿意獻出自己的生命，以死來報效朝廷?；噬夏昙o幼小，少不更事，只能靠我們來輔助他。國家遭受如此災難，如果棄了皇上，只顧自己逃命，我實在不忍心。況且，我身為宰相，不僅不能使國家平安無事，反而導致逆賊反叛，我責任重大啊！請你出城后，多多鼓勵關東豪杰，要常常念及皇上！”說完，便扶著漢獻帝逃到宣平城樓。
李傕、郭汜追到宣平門下，叩頭便拜。漢獻帝壯起膽子詢問道：
“你們目無王法，作亂京城，到底打算作什么？”李傕回答說：
“董太師對陛下忠心耿耿，卻無緣無故遭人殺害，我們只想替太師討回公道，不敢造反。等到捉拿處決兇手后，我們愿意接受審判?！?p> 王允二話沒說，向漢獻帝行了最后的君臣大禮，便隨士兵走下了城樓。起先，王允提拔過同郡人宋翼為左馮翊、王宏為右扶風。當時三輔地區(qū)兵多糧廣，李傕等想殺掉王允，害怕二郡為患。于是先征召宋翼、王宏。等二人到長安后，李傕逮捕了他們，把他們都處以極刑。王允時年五十六歲，他的長子侍中王蓋、次子王景、王定及宗族十余人都被殺害，只有兄子王晨、王陵在伏羲的保護之下，得以逃歸鄉(xiāng)里。
王允死后，“天子感慟，百姓喪氣”。
遷都許昌后，漢獻帝思念王允的忠貞氣節(jié)，便改用隆重的殯禮重新安葬王允，還特意派虎賁中郎將“奉策吊祭，賜東園秘器，賜以本官受綬，送還本郡”。后來，又封王允的孫子王黑為安樂亭侯，食邑三百戶。
王允的坎坷一生，另有一件事情也值得提及：即他對漢代圖書、檔案等文化典籍的收集和保護。董卓遷都長安時，王允特意把蘭臺、石室兩個藏書館所藏的圖書和檔案全部收集整理，用箱子運往長安。
王允命該如此，令伏羲十分痛心。伏羲知道，歷史的結局是不可改變的，自己不能永遠留在過去。對于自己來說，時間已經停滯，在過去和未來中再待下去，也沒什么意義，必須盡快回去。