蓋縣西邊五十里的原山下有個(gè)山村，周圍四面環(huán)山，里面空間巨大，水源充沛，土地肥沃。
馮習(xí)決定把自己的老家搬到這里來(lái)，于是命徐德和劉民把自己收容的百姓安置到了這里。
馮習(xí)現(xiàn)在軍隊(duì)有一萬(wàn)六千，成分混雜，不過(guò)都是見(jiàn)過(guò)血沒(méi)有老弱病殘的素質(zhì)不錯(cuò)的人。百姓因?yàn)榍捌诓桓沂杖萏啵F(xiàn)在只有兩萬(wàn)人左右。
經(jīng)過(guò)一番的篩選，馮習(xí)從泰山賊和原來(lái)臧霸的隊(duì)伍中選了六千比較精銳的帶著出發(fā)繼續(xù)去建立功績(jī)，留下一萬(wàn)多部隊(duì)和兩萬(wàn)百姓分別給太史慈和劉民訓(xùn)練，管理。
距黃巾起義已經(jīng)過(guò)去了三個(gè)多月，潁川地區(qū)的黃巾賊與皇甫嵩，朱雋率領(lǐng)的四萬(wàn)多官軍戰(zhàn)于長(zhǎng)社，被皇甫嵩乘夜劫營(yíng)放火擊敗，黃巾賊潁川地區(qū)的領(lǐng)導(dǎo)人波才戰(zhàn)死，彭脫被擊敗逃走。
皇甫嵩，朱雋于是分兵轉(zhuǎn)戰(zhàn)，朱雋支援南陽(yáng)戰(zhàn)場(chǎng)，皇甫嵩則北上。
黃巾賊大方卜已被馮習(xí)殺敗后，乘夜逃過(guò)了黃河，聚攏殘兵，又一路劫掠，人數(shù)又達(dá)到了六萬(wàn)人左右，被天公將軍張角命令攻打兗州，妄圖打通與南邊潁川地區(qū)與南陽(yáng)地區(qū)的聯(lián)系，使黃巾軍兵勢(shì)連成一片。
卜已再次度過(guò)黃河，率眾攻打兗州東郡，圍兗州刺史，領(lǐng)東郡太守喬瑁于東阿，東郡告急。
喬刺史也是不經(jīng)念叨，馮習(xí)這邊剛想到有他這么號(hào)人，喬刺史就被黃巾賊差點(diǎn)活捉了。
喬瑁本來(lái)帶著自己手下的六千兵馬四處剿匪，兗州地界也沒(méi)有什么規(guī)模特別大的黃巾賊，結(jié)果就碰上了卜已，人數(shù)是喬刺史的十倍，又是在野外平原正面撞上的，被黃巾賊殺的大敗，損失慘重，退回了附近的東阿城。
六月皇甫嵩趕到東阿附近的倉(cāng)亭，東郡危局已然解除，此時(shí)卜已軍正與一漢軍地方軍戰(zhàn)于此地，戰(zhàn)不多時(shí)，漢地方軍兩路伏兵從左右殺出，大敗卜已軍，皇甫嵩急命手下協(xié)助地方軍追殺卜已軍，卜已軍被追至黃河邊，水流湍急不能渡，漢軍又于后掩殺，卜已軍死傷無(wú)數(shù)，幾近覆沒(méi)，卜已亦于亂軍中被臧霸一槍刺于馬下。
是役，漢軍斬殺黃巾賊兩萬(wàn)余級(jí)，跳入河中妄圖渡河或被趕入河中淹死者無(wú)數(shù)，俘虜萬(wàn)余，皆被皇甫嵩命斬于黃河邊，河邊筑起數(shù)座京觀，滾滾黃河河水更是一度被鮮血完全染成紅色。
自此，在青州，兗州一帶活動(dòng)的黃巾賊主力部隊(duì)卜已軍被完全消滅。
馮習(xí)與皇甫嵩合兵一處，馮習(xí)暫歸皇甫嵩調(diào)遣，皇甫嵩一路北上，沿途黃巾賊皆被覆滅。
這時(shí)，張角占據(jù)廣宗，控制河北腹地，盧植為宦官所誣，被召回，繼任的董卓被擊敗。于是朝廷下詔命皇甫嵩率兵進(jìn)擊。在這緊要關(guān)頭，張角病死，張梁擔(dān)起守衛(wèi)廣宗的重任?；矢︶怨コ?，因張梁兵精，未能得逞，便閉營(yíng)休士，以觀其變。等到張梁被迷惑，放松了警惕?；矢︶粤⒓闯艘拐{(diào)兵，雞鳴時(shí)分沖入其陣，黃巾軍倉(cāng)促應(yīng)戰(zhàn)，張梁戰(zhàn)死，陣亡三萬(wàn)多人，投河而死的有五萬(wàn)多人?；矢︶苑贌S巾輜重車三萬(wàn)多輛，將張角“剖棺戳尸，傳首京師”。
皇甫嵩打敗張梁是在十月份。次月皇甫嵩又聯(lián)合巨鹿太守郭典大敗地公將軍張寶，攻破下曲陽(yáng)，殺死張寶，斬殺俘虜十余萬(wàn)人，皇甫嵩將十萬(wàn)人的尸骨筑成了京觀。
南陽(yáng)地區(qū)黃巾軍主力亦于十一月被朱雋等人消滅。
自此，黃巾起義的主要三個(gè)地區(qū)河北，潁川和南陽(yáng)地區(qū)的主要作戰(zhàn)力量被全部消滅，皇甫嵩班師回京，馮習(xí)亦被邀請(qǐng)隨軍進(jìn)京領(lǐng)賞。
因?yàn)轳T習(xí)連破黃巾賊大軍，其中一次還是發(fā)生在皇甫嵩眼前，所以皇甫嵩在打張梁和張寶的時(shí)候都有問(wèn)馮習(xí)對(duì)策，對(duì)張梁時(shí)馮習(xí)建議夜襲，因?yàn)榛矢︶砸彩侵傈S巾賊不習(xí)慣夜戰(zhàn)，所以前幾次大勝都是靠的夜襲取勝，深知這點(diǎn)的馮習(xí)當(dāng)然是建議夜襲，打張寶的時(shí)候馮習(xí)更是身先士卒，帶頭沖上了下曲陽(yáng)城。
皇甫嵩見(jiàn)馮習(xí)打仗身先士卒，又通謀略，十分喜愛(ài)，對(duì)馮習(xí)的出身卻是并不在意，相反還十分親近，皇甫嵩自己也是非常清廉的存在，當(dāng)然知道貧苦才更能磨煉一個(gè)人的意志，因此有心提拔于馮習(xí)。
漢廷任皇甫嵩為左車騎將軍，領(lǐng)冀州牧，并晉封他為槐里侯，食槐里、美陽(yáng)兩縣的租稅，食邑共八千戶。
皇甫嵩又上表漢經(jīng)逢內(nèi)亂，邊疆各族必然蠢蠢欲動(dòng)，需要加派人手，正好馮習(xí)有功，就被封為了玄菟郡中部都尉，馮習(xí)領(lǐng)旨后就到地接任去了。
當(dāng)初皇甫嵩征討張角時(shí)，途經(jīng)鄴地，發(fā)現(xiàn)中常侍趙忠住宅超過(guò)了規(guī)定，便上奏皇帝予以沒(méi)收。另外，中常侍張讓向他索要五千萬(wàn)錢，他不肯給。于是趙忠和張讓聯(lián)起手來(lái)，劾奏皇甫嵩連戰(zhàn)無(wú)功，耗費(fèi)錢糧。靈帝聽(tīng)信讒言，召回皇甫嵩，收回他的左車騎將軍印綬，削奪封戶六千。改封都鄉(xiāng)侯，食邑二千戶。
馮習(xí)沒(méi)有受到牽連，本來(lái)皇帝也比較看重馮習(xí)，幾次大戰(zhàn)都有馮習(xí)的名字，還都打了勝仗，派他去邊境守衛(wèi)皇帝也放心。
至于皇甫嵩被貶的主要原因更多的是朝廷內(nèi)部斗爭(zhēng)所致，皇帝也有卸磨殺驢的意思，主要還是因?yàn)樗赡艽淼膭?shì)力，怕皇甫嵩做大，雖然皇甫老將軍忠心耿耿，坦坦蕩蕩，卻是難逃官場(chǎng)猜忌。
之前帶著的人馬早就讓臧霸帶回了蓋縣，地方軍想帶進(jìn)京師那就跟造反一樣了。
因此馮習(xí)要先回一趟蓋縣，整備一下手下人馬，這次去玄菟郡顯然會(huì)待時(shí)間比較長(zhǎng)，但是又不可能把所有的身家都帶上，所以就要好好商量一下了，而且蓋縣還有魏老縣令一家。
十一月打完仗，從河北回京領(lǐng)賞，在京師又駐留了一段時(shí)間，回蓋縣路上也花了不少時(shí)間，等到了蓋縣，馮習(xí)發(fā)現(xiàn)又臨近過(guò)年了，這一年因?yàn)辄S巾之亂，基本都是在外面打仗，或者在打仗的路上，現(xiàn)在終于有時(shí)間能停下來(lái)，好好的休息一下了。