劇情承接自初代的5年之后。
曾經(jīng)的地球殘疾軍人杰克·薩利，如今已經(jīng)是潘多拉星球納美族一方部族的族長，
并且與愛妻娜塔莉共同育有一對可愛的兒女，日子過得平淡而充實。
一個清冷的雨夜，杰克忽然回想起他過去的人類生活，那些來到潘多拉之前的日日夜夜。
那個時候的地球，生態(tài)環(huán)境已經(jīng)因為人類的種種破壞而瀕臨崩潰，
各種大小天災接連不斷，必須依靠去外星強取豪奪各類資源才能勉強維持生存，
而潘多拉星球的寶貴礦產(chǎn)和自然資源，也許是能夠挽救地球的重要力量，更是他們覬覦已久的對象。
此時的杰克心里十分清楚，想要人類放棄征服潘多拉的計劃是不可能的，必須隨時保持高度的警惕。
就在這時，有手下人跑來告訴他，有個部族的兄弟在海岸附近巡邏時遭到利器割喉身亡。
通過現(xiàn)場勘查，以及作為前海軍陸戰(zhàn)隊員的敏銳直覺，杰克判斷已經(jīng)有人類的阿凡達混入了部落。
然而娜塔莉告訴他這是不可能的，因為阿凡達身上的氣味與一般納美人的氣味大相徑庭，
如果是阿凡達混了進來應該早就被察覺了。
但是杰克深信自己的直覺，他知道以現(xiàn)今地球科學家的技術(shù)水準，經(jīng)過幾年的發(fā)展培育出與納美人毫無二致的阿凡達也并非不可能的事。
何況利刃割喉的手法，很像杰克過去接受特種培訓時的手段。
可是，又如何才能把這個潛在的對手查出來呢?
苦思冥想之后，杰克心生一計。
第二天，他高調(diào)宣布了舉辦迅雷翼獸馴服大賽的活動。
在規(guī)定時間內(nèi)，誰能夠最快的馴服一只迅雷翼獸就算冠軍，
部族將為冠軍制作一個等身大小的雕像，所有部族最勇猛的戰(zhàn)士都務必參加。
比賽當天的氣氛熱烈異常，各路勇士紛紛大展身手。
杰克對所有選手掃視了一圈，突然朝著其中的一個疾跑過去，并將其撲倒在地。
原來這個人就是內(nèi)奸。
事后杰克告訴娜塔莉，地球人經(jīng)過一段時間的訓練，
生活習性也許可以和納美人沒什么不同，但殘忍的天性是不會變的，
更何況是特種軍人。在他們眼里，征服一頭野獸根本不需要感情，
而納美人追求的是靈性相通，兩種思想根本是背道而馳的。
杰克舉辦這個活動，目的就是要找到那個最無情的獵手。
通過對人類阿凡達的審訊，一個巨大的陰謀浮出水面。
原來人類早就悄悄的重返了潘多拉星球，并且在潘多拉的海洋中設立了秘密基地，
準備在水下出其不意的向納美人發(fā)動奇襲。
第一波攻勢之后，更是會有盤踞在半人馬α星系宇宙空間里的人類太空總部向潘多拉發(fā)起總攻!
而被殺死的那個納美族精英，就是無意中發(fā)現(xiàn)了人類在海邊的秘密活動才慘遭毒手。
一時之間，整個潘多拉人心惶惶，經(jīng)歷了上一次戰(zhàn)爭，
納美人自然十分清楚地球的軍事力量，上次區(qū)區(qū)數(shù)千雇傭兵已經(jīng)攪的潘多拉天翻地覆，
何況這次窮途末路的人類傾巢出動。
杰克明白，他最擔心的事終于發(fā)生了，
很快這個美麗的星球就要再次面臨戰(zhàn)火的洗禮。
無論結(jié)果如何，他必須想盡一切方法挽救這里的生命。
不過面對這種情況，杰克其實也早有準備。
5年前的那場戰(zhàn)斗結(jié)束后，納美人繳獲了數(shù)量龐大的武器裝備和科研設施。
當初娜塔莉和其他部落的一些首領(lǐng)都建議他銷毀這批武器裝備，
認為它們是潘多拉根本不需要的，“充滿骯臟的殺戮兵器”。
只有杰克知道，只要地球人對潘多拉賊心不死，這些武器裝備遲早會有派上用場的那一天。
于是，杰克秘密組織了一個科研團體，籠絡了納美人各部族的人才，對這些武器進行改造研究，以備將來的不時之需。
同時，他還把自己過去的人類身體，那個杰克·薩利的最后證明，盛放在了一個巨大的培養(yǎng)皿中。
這一切行動都是在極度機密的情況下進行的，甚至連娜塔莉都不知道。
用地球人自己的科技打敗他們，這難道不是最好的回敬?
然而人算不如天算，地球人的海底攻勢突然提前發(fā)動，整個潘多拉陷入了一片慌亂之中。
原來，地球人想到阿凡達被俘的可能，就在他們的指關(guān)節(jié)處安裝了特制的通信器，
只要對著墻面輕輕扣擊莫爾斯電碼就可以傳遞信息。
納美人由于心地純良，對被俘的阿凡達疏于防范，
反而讓他掌握了一些有用的情報，并且通過體內(nèi)的通信器傳遞給了宇宙間的人類太空總部。
來不及多想，納美人紛紛投入戰(zhàn)斗，期間死傷無數(shù)，場面甚為慘烈。
當然，我們的主角仍舊像上一部那樣一邊騎著魅影?？嵋贿呥M行戰(zhàn)斗。
這里值得一提的是，外形酷似中國傳說中的神獸貔貅的怪獸“Topoomy”(比貔貅的英文多了一個o)起到了奇兵的作用，
不僅將無數(shù)地球人制造的武器裝備飛行設施直接吞入腹中，甚至機槍導彈也不能傷害其分毫。
狡猾的地球人見場面上逐漸占了下風，索性龜縮回水下，用特殊的水對地導彈對潘多拉各部族成員及各地的神樹狂轟濫炸。
于是杰克派遣了一批部族精英攜帶水下呼吸器向著人類海底基地發(fā)動了進攻。
這一段水下大戰(zhàn)的情節(jié)甚是奇妙，并不是三兩句話就可以說明的。
總之，人類在海底節(jié)節(jié)敗退，之前仰仗的水下防御系統(tǒng)也被潘多拉的自然之力摧毀。
眼見納美人勝利在望，天色忽然暗了下來，原來地球人巨大的飛行戰(zhàn)艦已經(jīng)接近了潘多拉。
杰克無奈之下終于采取了最后的絕招，通過儀式將自己靈魂傳導回原來的身體，孤身前往人類戰(zhàn)艦，尋求和平解決兩族爭端的辦法。
幾乎所有納美人都認為這個計劃完全不可行，杰克此行必定有去無回。此時，杰克·薩利，這個前海軍陸戰(zhàn)隊員，
現(xiàn)今的部落首領(lǐng)，引用了一句古老中國的經(jīng)典諺語：“我不入地獄，誰入地獄?”
他知道自己無論有多么充分的理由，始終是人類的叛徒，那是沒有辦法回避的過去。
這次與地球的接觸，既是為了和談，也是為了贖罪。眾人聽罷紛紛落淚。
影片最后，恢復人身的杰克·薩利乘坐的直升機緩緩升起，
翠綠的草地上是守望他的愛人和子民，天空中則是巨大的人類母艦的身影。
至于未來究竟會怎樣，地球人能否與納美人和平共處，那就是另一個故事了。
【影片到此結(jié)束】
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