慶余年中的秘密是關(guān)于神廟的。神廟是上個(gè)文明的殘留物,保存了許多上個(gè)文明生產(chǎn)的武器,實(shí)際上是一個(gè)軍事博物館兼避難所。葉輕眉是現(xiàn)代人,靈魂穿越到神廟,而肖恩知道神廟的位置,并見過葉輕眉從神廟里出來。肖恩告訴了范閑神廟的位置,而這個(gè)秘密在劇情一開始時(shí)就有所揭露。慶帝費(fèi)盡心機(jī)想要從肖恩口中套出神廟的秘密。葉輕眉的秘密是禁忌之門,位于太平別院的湖底。具體的秘密細(xì)節(jié)需要閱讀原著小說。太后與葉輕眉之間的復(fù)雜關(guān)系也是慶余年中的秘密之一。肖恩的秘密是關(guān)于神廟的,他知道神廟的位置,并且見過葉輕眉從神廟里出來。