慶余年太平別院湖底的秘密是禁忌之門。湖底隱藏著禁忌之門,可能是一個(gè)實(shí)驗(yàn)室,里面可能有現(xiàn)代化的高科技設(shè)備,如手機(jī)、導(dǎo)航、電腦等。禁忌之門可能與葉輕眉的實(shí)驗(yàn)、種子的真相以及范閑如何來(lái)到這個(gè)世界有關(guān)。此外,還有一些說(shuō)法認(rèn)為湖底可能藏有高科技儀器、科學(xué)文獻(xiàn)以及葉輕眉和慶帝的書信。然而,具體的秘密內(nèi)容并未在提供的搜索結(jié)果中明確提及。