慶余年暗門(mén)的秘密是禁忌之門(mén)。根據(jù)葉輕眉在給范閑的信中提到,太平別院的湖底隱藏著禁忌之門(mén),可能是一個(gè)實(shí)驗(yàn)室,里面可能有現(xiàn)代化的高科技設(shè)備,如手機(jī)、導(dǎo)航、電腦等。這扇門(mén)涉及到人類(lèi)的生老病死等秘密,以及人類(lèi)滅絕的真相。范閑最后打開(kāi)了湖底的暗門(mén),進(jìn)入其中的暗門(mén),可能發(fā)現(xiàn)了很多他想要知道的事情的真相。慶帝也知道太平別院的湖底與眾不同,因此一直派兵把守,以求守住這個(gè)秘密。