慶余年的秘密包括慶廟背后的古畫、太平別院湖底的秘密以及神廟的秘密。葉輕眉留給范閑的箱子和禁忌之門的秘密被認為是太平別院湖底的秘密。而肖恩知道神廟的位置,并且見過葉輕眉從神廟里出來。具體神廟的秘密是上個文明的殘留物,保存許多上個文明生產的武器,是最大的武器博物館。葉輕眉是現代人,靈魂陰差陽錯穿越到神廟,而所謂神廟實際上是個軍事博物館兼避難所,科技發(fā)達,葉輕眉出現在神廟是命中注定的結果。肖恩的秘密與神廟有關,他曾與苦荷一起去過神廟,見到了一個四歲的小仙女,即葉輕眉。肖恩最終對范閑透露了三十年前的秘密,包括他與苦荷帶著北魏的千人大軍一路向北,到達了傳說中的神廟,并見到了葉輕眉。所以慶余年的秘密主要涉及禁忌之門、太平別院湖底的秘密以及神廟的存在和葉輕眉的身世。